Em 1989 é extinta a SUDEPE, passando as funções do setor ao Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e Recursos Naturais Renováveis – IBAMA. Nesse intervalo entre a década de 1990 e 2000 não se identificam políticas significativas no setor pesqueiro, mas nota-se um recuo na produção da pesca devido à exploração exacerbada do recurso